تواجه عملية التخطيط العديد من الصعوبات، منها ما يتعلق بطبيعة عملية التخطيط، ومنها ما يتعلق بالأفراد المعنيين بوضع الخطط وتنفيذها. ومن أهم الصعوبات المتعلقة بعملية التخطيط ما يلي:
1- صعوبة توفير المعلومات الدقيقة المتعلقة بالمتغيرات البيئية والظروف المستقبلية.
2- التغيرات البيئية المتسارعة التي تزيد من درجة عدم التأكد فيما يتعلق بالاحتمالات المستقبلية .
3-صعوبة تحديد الأهداف الواضحة، القابلة للقياس والقابلة للتحقيق .
4-الوقت و الكلفة الكبيرة لعملية التخطيط أما فيما يتعلق بالصعوبات الناشئة عن الأفراد فهي:
1-عدم وجود التزام حقيقي بالتخطيط على جميع المستويات .
2-عدم توفير الموارد اللازمة للقيام بالتخطيط .
3- مقاومة التغيير: يتطلب التخطيط تغيير عدد من مجالات العمل في المنظمة، غير أن بعض الأشخاص في المنظمة يمكن أن يقاوموا هذا التغيير نتيجة خوفهم من المستقبل أو من انعكاس هذا التغيير عليهم في العمل
4- عدم استخدام أسلوب تحفيزي مناسب